O Colégio Miguel Afonso tem como missão educar crianças e jovens na sua totalidade, respeitando sua individualidade e ampliando seu potencial interpessoal, através de uma pedagogia inovadora, contribuindo para a formação de cidadãos éticos e solidários, capazes de construir conhecimento e responder criativamente aos novos desafios do mundo, amando a Deus sobre todas as coisas e utilizando seus dons para humanizar a Terra.